水产品体表经常会携带污染的食源性致病菌，如果用酸性电解水清洗水产品原料，不仅能达到消毒水产品的目的，而且清洗后的清洗液无微生物残留，不会造成环境二次污染，同时也不会造成从清洗液或手套到食品原料的交叉污染，大大降低了病原微生物污染食品原料的风险。目前已经有酸性电解水对于水产品原料表面摩式摩根菌、单增李斯特菌、大肠杆菌、副溶血性弧菌等杀灭效果的研究。
通过酸性电解水处理污染大肠杆菌和单增李斯特菌的三文鱼，结果发现，35℃时，酸性电解水可有效降低三文鱼表面大肠杆菌O157:H7和李斯特菌数分别为1.07 log10CFU/g和1.12 log10CFU/g。因此可以考虑用酸性电解水对生食水产品进行食用前的消毒处理。
也有研究表明酸性电解水以及由此制成的冰，两者结合用于食品接触表面及某些水产品表面的杀菌处理，可有效减少其表面的组织胺产生菌。利用酸性电解水处理纯培养的副溶血性弧菌菌悬液，结果表明酸性电解水能在2min内减少副溶血性弧菌约8.20 log10CFU/g。
由此可见，酸性电解水在处理实际水产品时杀菌效果要低于纯培养的菌悬液，这是因为实际水产品表面的有机质等削弱了酸性电解水的杀菌功效，因此在实际操作中要根据杀菌要求适当提高电解水有效氯浓度或结合其他手段如先用冷水清除污垢来提高电解水的杀菌效力。

水产品所接触器材表面的消毒

采用酸性电解水对水产品所接触器材表面消毒可解决氯制剂消毒带来的残留氯问题，且酸性电解水制取方便，可连续大量生产，能满足大型水产品加工企业对消毒剂的要求。已有许多文献报道了酸性电解水对水产品加工设备或器材表面的消毒，例如将中性电解水用于食品准备前切菜板的处理，与自来水和 NaClO 溶液对比，手动清洗时，中性电解水可以减少菜板表面大肠杆菌K12数 3.4 CFU/100cm2和李斯特菌数 4.1 CFU/100cm2，与 NaClO 溶液处理效果相当，自动清洗效果更佳。
酸性电解水喷雾处理食品接触表面，可不同程度减缓微生物生长79﹪-100﹪。经研究电解水对水产品加工表面单增李斯特菌的杀灭情况，结果发现，用电解水处理这三种材料表面 5min，单增李斯特菌数可分别减少3.73log，4.24log，5.12log。研究还发现，有机物会降低电解水的杀菌效果，用同样参数的电解水处理表面有蟹肉残留的这三种材料，单增李斯特菌数均会减少2个左右的对数值，细菌减少量有所降低。